In den folgenden Jahrhunderten war sie Zankapfel der Territorialpolitik der Bischöfe von Bamberg und ihrer großen Gegenspieler in Ostfranken, der Andechs-Meranier. Die Auseinandersetzungen wurden erst 1390 beendet, als es Bischof Lambert von Brunn gelang, die Giechburg in den Besitz des Hochstifts Bamberg zu bringen, zu dem sie bis zur Säkularisation ununterbrochen gehörte.
1430 von den Hussiten zerstört, von Fürstbischof Anton von Rotenhan bald darauf wieder aufgebaut, 1525 von den aufständischen Bauern in Brand gesteckt und 1553 im sogenannten Markgrafenkrieg von Markgraf Alcibiades stärkstens in Mitleidenschaft gezogen, wurde die Giechburg um 1600 von Fürstbischof Johann Philipp von Gebsattel umfassend zu einer großen Bergfestung neu gestaltet. Sie erlebte damit ihre eigentliche Glanzzeit und bildet heute ein Beispiel für das Aussehen einer späten Höhenburg, bevor diese endgültig ihre Bedeutung verloren. Immerhin hatte dieser Ausbau zur Folge, daß die wehrhafte Burg im Dreißigjährigen Krieg von den Schweden nicht eingenommen werden konnte.
